Para fechar pastas você pode simplesmente dar clicar no botão Fechar janela, mas essa não é a forma mais eficiente. Se você quiser ver apenas a pasta atual, e não as que você abriu para chegar até ela, escolha Arquivo ▸ Fechar Pastas Pai. Se quiser fechar todas as pastas do gerenciador de arquivos, escolha Arquivo ▸ Fechar Todas as Pastas.