Os sistemas de arquivos do Linux e do Unix são organizados em uma estrutura hierárquica, similar a uma árvore. O nível mais alto do sistema de arquivo é o / ou diretório raiz. Na filosofia arquitetural do Unix e do Linux, tudo é considerado um arquivo - incluindo discos rígidos, partições e mídias removíveis. Isto significa que todos os arquivos e diretórios (incluindo outros discos e partições) existem sob o diretório raiz.
Por exemplo, /home/jeremias/queijos.odt mostra o caminho completo e correto para o arquivo queijos.odt que existe no diretório jeremias, o qual está sob o diretório home, que por sua vez está sob o diretório raiz (/).
Sob o diretório raiz (/) existe um conjunto de importantes diretórios de sistema que são utilizados comumente por quase todas as distribuições Linux. Segue uma lista de diretórios comuns que estão sob o diretório raiz (/):
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/bin - aplicativos binárias importantes;
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/boot - arquivos necessários para realizar o boot no computador;
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/dev - os arquivos de dispositivos (devices, em inglês);
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/etc - arquivos de configuração, scripts para iniciar programas etc;
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/home - diretórios pessoais dos usuários locais;
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/lib - bibliotecas do sistema (libraries, em inglês);
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/lost+found - provê um sistema de achados e perdidos para arquivos que existem sob o diretório raiz;
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/media - mídias (media, em inglês) removíveis montadas (carregadas), por exemplo CDs, câmeras digitais etc;
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/mnt - sistemas de arquivos "montados";
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/opt - provê um local para instalação de aplicativos opcionais;
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/proc - diretório dinâmico especial que mantém informações sobre o estado do sistema, incluindo processos em execução;
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/root - diretório pessoal do usuário root, pronuncia-se "barra-root";
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/sbin - importantes arquivos binários do sistema;
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/srv - provê um local para dados utilizados por servidores;
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/sys - contém informações a respeito do sistema;
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/tmp - arquivos temporários;
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/usr - arquivos e aplicativos acessíveis para a maioria dos usuários;
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/var - arquivos de variáveis como logs e bancos de dados.