In modo predefinito, in Nautilus non vengono mostrati alcuni file di sistema e di backup presenti nelle cartelle. Ciò in primo luogo previene la modifica o l'eliminazione accidentale di tali oggetti, azioni che potrebbero pregiudicare la funzionalità del computer, e in secondo luogo riduce il disordine presente il alcune posizioni come la cartella home. In Nautilus non vengono mostrati:
È possibile nascondere o mostrare i file nascosti in una determinata cartella selezionando Visualizza ▸ Mostra file nascosti.
Per impostare Nautilus affinché mostri sempre i file nascosti, consultare Sezione 6.12 - Preferenze di Nautilus.
Per nascondere un file o una cartella in Nautilus, rinominare il file in modo che il suo nome inizi con un punto (.) o creare un file di testo chiamato .hidden all'interno della cartella e aggiungere il nome del file da nascondere, come nel seguente esempio:
nomefile nomecartella
Potrebbe essere necessario aggiornare la finestra di Nautilus interessata per vedere i cambiamenti: premere Ctrl+R.